Seni Gerak Kilat telah wujud sebelum pemerintahan Belanda di Indonesia. Gerak Kilat ini berasal dari Jawa Tengah. Gerak Kilat ini awalnya dikenali sebagai Ilmu Kanuragan Patang Puluh (Ilmu Peperangan Tentera 40 Orang). Tentera ini diajar ilmu bela diri oleh Kanjeng Sunan Kalijogo untuk mengawal istana dan juga membenteng kedatangan musuh ke negara di ketika itu dan dihayati turun-temuran.
Terdahulu, Seni Silat Gerak Kilat dikenali sebagai perguruan dari Pasantren Kadilangu Sunan Kalijogo. Ilmu persilatan ini kemudian diperluaskan secara turun temurun sehinggalah kepada Raden Mansor, ayahanda kepada Raden Johari.
Pada tahun 1967, Raden Mansor telah menubuhkan seni bela diri ini di Malaysia yang dikenali sebagai Persatuan Seni Silat Gerak Kilat Malaysia sebelum ianya ditukarkan kepada Pertubuhan Seni Silat Gerak Kilat Kebangsaan pada tahun 1988 oleh Raden Johari.